| 1 | More protein-ligand data are needed for AlphaFold-like model… | 機械学習・AI | 2026 (Current Opinion in Structural Biology, Vol. 98) | ✅ |
| 2 | Wee1-targeting inhibitors: From virtual screening to lead di… | メディシナルケミストリー | 2026年3月 (Bioorganic & Medicinal Chemistry, Vol. 138) | ✅ |
| 3 | Benchmarking GROMACS on Optimized Colab Processors and the F… | 計算化学 | 2024年11月15日 (bioRxiv preprint) | ✅ |
| 4 | AgentChemist: A Multi-Agent Experimental Robotic Platform In… | 機械学習・AI | 2026年3月 (arXiv preprint) | ✅ |
| 5 | Bellerophon: An Automated Tool for PROTAC Decomposition | 計算化学 | 2026年3月 (ACS Medicinal Chemistry Letters) | ✅ |
| 6 | AI-Powered Virtual Screening: Accelerating Hit Identificatio… | 機械学習・AI | 2025年(推定) | ✅ |
| 7 | FlowDock: A unified flow-based framework for flexible protei… | 機械学習・AI | 2026年4月(Acta Pharmaceutica Sinica B) | ✅ |
| 8 | NumMolFormer: an explicit functional group number-guided fra… | 機械学習・AI | 2026年4月7日(Bioinformatics, 42(4), btag164) | ✅ |
| 9 | Scaffold-Based Evaluation Metrics for Fair Comparison of Mol… | 計算化学 | 2026年4月10日(ChemRxiv プレプリント、未査読) | ✅ |
| 10 | Extending AIMNet2 to Macrocyclic Peptides Through Data-Effic… | 機械学習・AI | 2026年4月 | ✅ |
| 11 | MolDockLab: a data-driven workflow for balanced consensus do… | 計算化学 | 2026年4月 | ✅ |
| 12 | Enhancing Virtual Screening of Cystathionine β-Synthase Inhi… | 計算化学 | 2026年3月 | ✅ |
| 13 | Do humans and large language models agree on the quality of … | 機械学習・AI | 2026年4月 | ✅ |
| 14 | Quantum chemical energy-based cation-π interaction recovers … | 計算化学 | April 2026 | ✅ |
| 15 | Stability-Driven Pose Prediction and Ligand Design via Conta… | 計算化学 | 2026年(Comput. Struct. Biotechnol. J. Just Accepted) | ✅ |
| 16 | Open-Source Molecular Docking and AI-Augmented Structure-Bas… | 計算化学 | April 2026 (Int. J. Mol. Sci. 2026, 27, 3302) | ✅ |
| 17 | VeGA-RX and VeGA-SCX: Controllable SMARTS-Guided Generative … | 機械学習・AI | 2026(J. Chem. Inf. Model. XXXX, XXX, XXX—XXX) | ✅ |
| 18 | ORCA Meets Python—The ORCA Python Interface OPI | 計算化学 | 2026 (J. Chem. Theory Comput., XXXX) | ✅ |
| 19 | TripleBind: a generalizable deep learning framework for prot… | 機械学習・AI | 2026年4月(Molecular Diversity, Springer) | ✅ |
| 20 | Target identification and assessment in the era of AI | 機械学習・AI | 2026年(Nature Reviews Drug Discovery) | ✅ |
| 21 | Does DrugCLIP Find the Right Pocket? A Systematic Evaluation… | 計算化学 | 2026年4月(Preprints.org、未査読) | ✅ |
| 22 | Distribution-preserved sampling (DPS) for smarter machine le… | 機械学習・AI | 2026年4月27日(RSC Advances) | ✅ |
| 23 | Supplementary Information: Distribution-preserved sampling (… | 機械学習・AI | 2026年4月27日(RSC Advances) | ✅ |
| 24 | From Sequence to Hit: Reliable Virtual Screening via Interac… | 機械学習・AI | 2026年4月 | ✅ |
| 25 | A Practical Open-Source Protocol for Structure-Based Hit Ide… | 計算化学 | 2026年(原稿段階) | ✅ |
| 26 | Absolute Binding Free Energy Calculations between the SARS-C… | 計算化学 | 2026年3月(ChemRxiv preprint) | ✅ |
| 27 | AI-driven design of novel inhibitors of the FABP12 protein f… | 計算化学 | 2026年 | ✅ |
| 28 | Targeting BACE1 inhibitors: In Silico Drug Discovery Approac… | 計算化学 | 2026年 | ✅ |
| 29 | FragLDM: Fragment-Guided Latent Diffusion Model for 3D Molec… | 機械学習・AI | 2026年4-5月(ICASSP 2026, Barcelona) | ✅ |
| 30 | Making Room for AI: Multi-GPU Molecular Dynamics with Deep P… | 計算化学 | 2026年4月8日(arXiv preprint, cs.DC) | ✅ |
| 31 | Multi-Objective Reinforcement Learning for Generating Covale… | 機械学習・AI | 2026年4月21日(arXiv preprint, cs.LG) | ✅ |
| 32 | KinetiDiff: Docking-Guided Diffusion for De Novo ACVR1 Inhib… | 機械学習・AI | 2026年4月17日(arXiv preprint, physics.chem-ph) | ✅ |
| 33 | Development and large-scale benchmarks of a protein-ligand a… | 計算化学 | 2026年3月(arXiv preprint, physics.chem-ph) | ✅ |
| 34 | Binding Free Energies without Alchemy | 計算化学 | 2026-03 | ✅ |
| 35 | ProDock: From multi-target consensus docking into database-b… | 計算化学 | 2026-04 | ✅ |
| 36 | PP-MAPS: dynamic pharmacophore signatures of protein-peptide… | 計算化学 | 2026-04 | ✅ |
| 37 | Atom-level generative foundation model for molecular interac… | 機械学習・AI | 2024-10(bioRxiv; 2025-08 updated) | ✅ |
| 38 | Evolutionary exploration of drug-like chemical space utilizi… | 計算化学 | 2026年3月 | ✅ |
| 39 | MolClaw: An Autonomous Agent with Hierarchical Skills for Dr… | 機械学習・AI | 2026年4月 | ✅ |
| 40 | DrugPlayGround: Benchmarking Large Language Models and Embed… | 機械学習・AI | 2026年4月 | ✅ |
| 41 | Molecular Simulations Assisted by an Artificial Intelligence… | 機械学習・AI | 2026年4月 | ✅ |
| 42 | Cyclic peptides in modern drug discovery: trends and therape… | メディシナルケミストリー | 2026年4月 | ✅ |
| 43 | Advances in Molecular Docking Methodologies | 計算化学 | 2026年4月(Preprints.org、査読前) | ✅ |
| 44 | CarsiDock-Cov: A deep learning-guided approach for automated… | 計算化学 | 2025年7月(Acta Pharmaceutica Sinica B、プレプルーフ) | ✅ |
| 45 | ChemBounce: a computational framework for scaffold hopping i… | 計算化学 | 2025年9月(Bioinformatics, Vol.41, btaf501) | ✅ |
| 46 | DrugPipe: Generative AI-Assisted Virtual Screening Pipeline … | 機械学習・AI | 2025年5月(Biology Methods and Protocols, 10(1), bpaf038) | ✅ |
| 47 | How and Why Does Knowledge-Based Biased Docking Improve Mole… | 計算化学 | 2026年(ChemMedChem, Vol.21, e202501058) | ✅ |
| 48 | PharmacoForge: Pharmacophore Generation with Diffusion Model… | 機械学習・AI | 2025年(ChemRxiv プレプリント) | ✅ |
| 49 | Improving ΔΔG Predictions with a Multitask Convolutional Sia… | 機械学習・AI | 2022年4月(JCIM Vol. 62, No. 8, pp. 1819–1829) | ✅ |
| 50 | Robust Protein-Ligand Interaction Modeling Integrating Physi… | 機械学習・AI | 2024年11月(ChemRxiv preprint) | ✅ |