81. Consensus docking aid to model the activity of an inhibitor of DNA methyltransferase 1 inspired by de novo design▶ スライドあり
DOI: 10.3389/fddsv.2023.1261094 · 📅 2023年12月 · 計算化学
判断:
本研究は、エピジェネティクス標的である DNA methyltransferase 1（DNMT1）に対するコンセンサス分子ドッキングプロトコルを構築し、その有効性を実験的に検証した研究である。AutoDock Vina・LeDock・MOE の3種のドッキングプログラムを組み合わせ、7種類のデータフュージョン（スコア統合）手法でそれぞれの出力を統合することで、スクリーニング性能の向上を図った。また、alvaBuilder を用いた de novo 分子設計と商用ライブラリへの類似度探索を組み合わせることで、既知スキャフォールドとは異なる新規 DNMT1 阻害剤 F447-0397（IC50 = 41.3 μM）を発見・実験的に確認した点が本研究の重要な成果である。
📣 DNMT1阻害剤探索にVina・LeDock・MOEのコンセンサスドッキングを適用。Ligand Efficiency正規化＋Minimum融合でρ=−0.564。De novo設計×類似度探索で新規スキャフォールド阻害剤（IC50=41μM）を発見。コード公開済。