📚 月次論文レビュー総括レポート

対象期間: 2026-03-28 〜 2026-04-27（過去30日）生成日時: 2026-04-27

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機械学習・AI

157 本

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計算化学

81 本

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メディシナルケミストリー

33 本

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📋 論文一覧（全 271 件）

#	タイトル	カテゴリ	発表	スライド
1	Identification of KKL-35 as a novel carnosine dipeptidase 2 (CNDP2) inhibitor by in silico screening	計算化学	2025年9月（bioRxiv プレプリント）	✅
2	Supporting Medicinal Chemists in Iterative Hypothesis Generation for Drug Target Identification	機械学習・AI	2025年12月	✅
3	DynaRepo: the repository of macromolecular conformational dynamics	計算化学	2025年10月（Nucleic Acids Research、Database issue）	✅
4	MolAI: A Deep Learning Framework for Data-Driven Molecular Descriptor Generation and Advanced Drug D…	機械学習・AI	2025年9月（J. Chem. Inf. Model. 2025, 65, 9892–9909）	✅
5	SHARP: Generating Synthesizable Molecules via Fragment-Based Hierarchical Action-Space Reinforcement…	機械学習・AI	2025年10月（J. Chem. Inf. Model. 2025, 65, 11601–11619）	✅
6	VeGA: A Versatile Generative Architecture for Bioactive Molecules across Multiple Therapeutic Target…	機械学習・AI	2025年10月（J. Chem. Inf. Model. 2025, 65, 10918–10931）	✅
7	Combining GCN Structural Learning with LLM Chemical Knowledge for Enhanced Virtual Screening	機械学習・AI	2025年10月（J. Chem. Inf. Model. 2025, 65, 11510–11520）	✅
8	ChemFM as a scaling law guided foundation model pre-trained on informative chemicals	機械学習・AI	2025年11月（Communications Chemistry, Article in Press）	✅
9	LLMize: A Framework for Large Language Model-Based Numerical Optimization	機械学習・AI	2025年12月（arXiv プレプリント）	✅
10	HELM-BERT: A Transformer for Medium-Sized Peptide Property Prediction	機械学習・AI	2025年12月（arXiv プレプリント）	✅
11	aiXiv: A Next-Generation Open Access Ecosystem for Scientific Discovery Generated by AI Scientists	機械学習・AI	2025年8月（arXiv プレプリント、v2: 2025年12月更新）	✅
12	AI-Driven Molecular Design: Synergizing Deep Generative Models with Evolutionary Optimization	機械学習・AI	2025年11月（IConTES 2025, Antalya/Türkiye）	✅
13	LAMMPS-ANI: Large Scale Molecular Dynamics Simulations with ANI Neural Network Potential	機械学習・AI	2025年（ChemRxiv プレプリント）	✅
14	BindFlow: a free, user-friendly pipeline for absolute binding free energy calculations using free en…	計算化学	2025年9月（bioRxiv preprint）	✅
15	Unified all-atom molecule generation with neural fields	機械学習・AI	2025年11月	✅
16	Uncertainty-Aware Multi-Objective Reinforcement Learning-Guided Diffusion Models for 3D De Novo Mole…	機械学習・AI	2025年10月	✅
17	Lost in Tokenization: Context as the Key to Unlocking Biomolecular Understanding in Scientific LLMs	機械学習・AI	2025年10月	✅
18	Physics–Preference Aligned Tool-Using Policies for Molecular Design with Gemma-3 270M	機械学習・AI	2025年（NeurIPS 2025 ML4PS Workshop）	✅
19	Joint Design of Protein Surface and Structure Using a Diffusion Bridge Model	機械学習・AI	2025年11月（NeurIPS 2025）	✅
20	Improving protein-ligand complex generation with force field guidance	機械学習・AI	2025年（NeurIPS 2025 Workshop SimBioChem）	✅
21	Trillion Ligands per Day: Performance-Portable Virtual Screening via Compound Database Optimization …	計算化学	2025年11月（SC '25, St Louis, MO, USA）	✅
22	Integrated In Silico Pipeline for Validating AI-Generated Ligands: From Docking Consensus to Molecul…	計算化学	2026年（IWBBIO 2025 proceedings, LNBI 16050）	✅
23	Protocol for an automated virtual screening pipeline including library generation and docking evalua…	計算化学	2025年12月	✅
24	PLNet: Persistent Laplacian Neural Network for Protein–Protein Binding Free Energy Prediction	機械学習・AI	2025年12月	✅
25	Modeling Protein–Small Molecule Conformational Ensembles with PLACER	機械学習・AI	2025年11月	✅
26	Resolving Data Bias Improves Generalization in Binding Affinity Prediction	機械学習・AI	2025年	✅
27	Navigating Structure-Based Drug Discovery with Emerging Innovations in Physics- and Knowledge-Based …	計算化学	2025年	✅
28	Sampling Challenges of MM/PBSA Binding Energy Calculations	計算化学	2025年10月	✅
29	MicroCycle: An Integrated and Automated Platform to Accelerate Drug Discovery	メディシナルケミストリー	2024年1月25日（J. Med. Chem. 2024, 67, 2118–2128）	✅
30	Evaluating Ligand Docking Methods for Drugging Protein–Protein Interfaces: Insights from AlphaFold2 …	計算化学	2025年（J. Cheminformatics 17:144）	✅
31	Computation of Protein-Ligand Binding Free Energies with a Quantum Mechanics-Based Mining Minima Alg…	計算化学	2025年3月（Accepted: March 3, 2025）	✅
32	REINFORCE-ING Chemical Language Models for Drug Discovery	機械学習・AI	2025年11月（Accepted: November 7, 2025）	✅
33	SynKit: A Graph-Based Python Framework for Rule-Based Reaction Modeling and Analysis	計算化学	2025年11月（Accepted: November 19, 2025）	✅
34	Boosting Drug Discovery: Expanding the Applicability of Fragment Dissolved Molecular Dynamics to Acc…	計算化学	2025年（JCIM ASAP）	✅
35	RLMolLM: Reinforcement Learning-Enhanced Language Model Framework for Inverse Molecular Design	機械学習・AI	2025年11月	✅
36	SiteMatcher: A Web Server for Structure-Based Drug Design Using Protein-Ligand Interaction Patterns	計算化学	2025年11月	✅
37	Combining AlphaFold with Focused Virtual Library Design in the Development of Novel CCR2 and CCR5 An…	メディシナルケミストリー	2025年（JCIM ASAP）	✅
38	MAPCliff-WMGR: Exploring Activity Cliffs in Molecular Activity Prediction Enhanced by Weighted Molec…	機械学習・AI	2025年11月	✅
39	Ultra-large Library Screening with an Evolutionary Algorithm in Rosetta (REvoLd)	計算化学	2025年	✅
40	A Quantitative Model of Structure-Based Virtual Screening Performance	計算化学	2025年	✅
41	FEP Ω: The End of Parameter Tuning	計算化学	2025年	✅
42	Benchmarking Active Learning Virtual Screening across Vina, Glide, and SILCS-based Docking at a Tran…	計算化学	2025年	✅
43	Rethinking Ligand Efficiency: Normalization Pitfalls, Uncertainty, and State-Invariant Metrics	メディシナルケミストリー	2025年11月	✅
44	PEGASUS: Unlocking Polarity in Cell-Permeable Cyclic Peptides Using AI Models Built on Massively Par…	機械学習・AI	November 2025	✅
45	EDWARD: E(3)-Equivariant Dual-Way Attentive Reduction for Peptide-to-Small-Molecule Design	機械学習・AI	December 2025	✅
46	A QM-AI Approach for the Acceleration of Accurate Assessments of Halogen-π Interactions by Training …	計算化学	December 2025	✅
47	Improved ADME Prediction by Multitask Pretraining on Predicted Data: Insights from the ASAP-Polaris-…	機械学習・AI	2025年（J. Chem. Inf. Model.、掲載確定）	✅
48	Descriptor-First Approach for ADMET Prediction in the PolarisHub Antiviral Challenge	機械学習・AI	2026年1月（J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 406–412）	✅
49	BioChemAIgent: An AI-driven Protein Modeling and Docking Framework for Structure-Based Drug Discover…	機械学習・AI	2025年12月	✅
50	A unified language model bridging de novo and fragment-based 3D molecule design delivers potent CBL-…	機械学習・AI	2025年11月	✅
51	BENTO: Benchmarking Classical and AI Docking on Drug Design-Relevant Data	計算化学	2025年12月	✅
52	The Influence of Ligands on AlphaFold3 Prediction of Cryptic Pockets	機械学習・AI	2026年1月	✅
53	FlashAffinity: Bridging the Accuracy-Speed Gap in Protein-Ligand Binding Affinity Prediction	機械学習・AI	2025年12月	✅
54	Explaining how mutations affect AlphaFold predictions	機械学習・AI	2026年1月	✅
55	SeedFold: Scaling Biomolecular Structure Prediction	機械学習・AI	2025年12月	✅
56	Apo2Mol: 3D Molecule Generation via Dynamic Pocket-Aware Diffusion Models	機械学習・AI	2025年11月	✅
57	SculptDrug: A Spatial Condition-Aware Bayesian Flow Model for Structure-based Drug Design	機械学習・AI	2025年11月	✅
58	ReACT-Drug: Reaction-Template Guided Reinforcement Learning for de novo Drug Design	機械学習・AI	2025年12月	✅
59	MolGuidance: Advanced Guidance Strategies for Conditional Molecular Generation with Flow Matching	機械学習・AI	2025年12月	✅
60	Peptide2Mol: A Diffusion Model for Generating Small Molecules as Peptide Mimics for Targeted Protein…	機械学習・AI	2025年11月	✅
61	Diffusion Models are Molecular Dynamics Simulators	機械学習・AI	2025年11月	✅
62	MolSculpt: Sculpting 3D Molecular Geometries from Chemical Syntax	機械学習・AI	2025年12月	✅
63	RxnBench: A Multimodal Benchmark for Evaluating Large Language Models on Chemical Reaction Understan…	機械学習・AI	2025年12月	✅
64	MDAgent2: Large Language Model for Code Generation and Knowledge Q&A in Molecular Dynamics	機械学習・AI	2026年1月	✅
65	MolAct: An Agentic RL Framework for Molecular Editing and Property Optimization	機械学習・AI	2025年12月	✅
66	HalluMat: Detecting Hallucinations in LLM-Generated Materials Science Content Through Multi-Stage Ve…	機械学習・AI	2025年12月	✅
67	FRAGMENTA: End-to-end Fragmentation-based Generative Model with Agentic Tuning for Drug Lead Optimiz…	機械学習・AI	2025年11月	✅
68	AGAPI-Agents: An Open-Access Agentic AI Platform for Accelerated Materials Design on AtomGPT.Org	機械学習・AI	2025年12月	✅
69	SCP: Accelerating Discovery with a Global Web of Autonomous Scientific Agents	機械学習・AI	2025年12月	✅
70	Understanding Structural Representation in Foundation Models for Polymers	機械学習・AI	2025年12月	✅
71	Learning to Make Decisions for Autonomous Drug Design	機械学習・AI	2025年（Chalmers 工科大学 + ヨーテボリ大学博士論文）	✅
72	Deep contrastive learning enables genome-wide virtual screening	機械学習・AI	2026年1月8日	✅
73	Computational and experimental investigation for new transition metal selenides and sulfides: The im…	計算化学	2016年7月	✅
74	Assessing the potential of deep learning for protein–ligand docking	機械学習・AI	2025年（受理: 2025年11月）	✅
75	Monovalent pseudo-natural products supercharge degradation of IDO1 by its native E3 KLHDC3	メディシナルケミストリー	2026年（受理: 2025年11月）	✅
76	Quantum-machine-assisted drug discovery	機械学習・AI	2026年（npj Drug Discovery, 2026, 3:1）	✅
77	Extrapolating Foundation Generative Models with Physics: A Case Study of Exploring Peptide Conformat…	機械学習・AI	2025年12月（J. Phys. Chem. Lett. 受理）	✅
78	Discovery of MT-7117 (Dersimelagon Phosphoric Acid): A Novel, Potent, Selective, and Nonpeptidic Ora…	メディシナルケミストリー	2024年12月（J. Med. Chem. 2024, 67, 21729–21748）	✅
79	Highlights of Medicinal Chemistry Optimization Strategies in Peptidomimetic Antimalarial Drug Discov…	メディシナルケミストリー	2025年12月（J. Med. Chem. 受理）	✅
80	A New Fragment-Based Pharmacophore Virtual Screening Workflow Identifies Potent Inhibitors of SARS-C…	計算化学	2025年（J. Comput. Chem. 2025; 46:e70201）	✅
81	ALCHEMD: Bridging Accessibility and Accuracy in Automated Relative Binding Free Energy Workflows	計算化学	2025年12月（J. Chem. Theory Comput. オンライン先行公開）	✅
82	Automated Machine Learning Pipeline: Large Language Models-Assisted Automated Data set Generation fo…	機械学習・AI	2025年12月（J. Chem. Theory Comput. オンライン先行公開）	✅
83	DiffDec: Structure-Aware Scaffold Decoration with an End-to-End Diffusion Model	機械学習・AI	2023年10月（bioRxiv preprint）; J. Chem. Inf. Model. 2024掲載	✅
84	AlphaFold-RandomWalk and AlphaFold-Ensemble: Sampling Alternative Protein Conformations with Perturb…	機械学習・AI	2025年12月（オンライン先行公開）	✅
85	Meeko: Molecule Parametrization and Software Interoperability for Docking and Beyond	計算化学	2025年12月	✅
86	Improving the Reliability of Molecular String Representations for Generative Chemistry	機械学習・AI	2025年	✅
87	Contact Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (cPaCS-MD) for Accurate In Silico Prediction o…	計算化学	2026年1月（受理: 2025年12月16日）	✅
88	Novel GPU Engines for Virtual Screening of Giga-Sized Libraries Identify Inhibitors of Challenging T…	計算化学	2025年9月	✅
89	TorchANI 2.0: An Extensible, High-Performance Library for the Design, Training, and Use of NN-IPs	機械学習・AI	2025年10月	✅
90	ADvisor: An Open-Source Tool for Applicability Domain Definition and Optimization in Molecular Predi…	機械学習・AI	2025年10月	✅
91	Navigating Ultralarge Virtual Chemical Spaces with Product-of-Experts Chemical Language Models	機械学習・AI	2024年10月	✅
92	ProfhEX: Empowering Early Drug Discovery with Machine Learning-Based Target Profiling and Liability …	機械学習・AI	2025年（受理: 2025年10月15日）	✅
93	gSelformer-MV: Multiview, Subgraph-Augmented Group SELFIES Transformer for Molecular Property Predic…	機械学習・AI	2025年（受理: 2025年12月）	✅
94	Can AI-Predicted Complexes Teach Machine Learning to Compute Drug Binding Affinity?	機械学習・AI	2025年（受理: 2025年12月）	✅
95	Chemprop v2: An Efficient, Modular Machine Learning Package for Chemical Property Prediction	機械学習・AI	2025年（受理: 2025年12月）	✅
96	TEMPL: A Template-Based Protein–Ligand Pose Prediction Baseline	計算化学	2025年10月	✅
97	Toward Generalizable Data-Driven Pharmacokinetics with Interpretable Neural ODEs	機械学習・AI	2026-02 (J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 2640−2650)	✅
98	ROSHAMBO2: Accelerating Molecular Alignment for Large Chemical Libraries with GPU Optimization and A…	計算化学	2025-09 (J. Chem. Inf. Model. 65, 9842−9849)	✅
99	The growing role of open source software in molecular modeling	計算化学	2026（ChemRxiv preprint, CC BY 4.0）	✅
100	SynFrag: Synthetic Accessibility Predictor based on Fragment Assembly Generation in Drug Discovery	機械学習・AI	2025（ChemRxiv preprint, CC BY 4.0）	✅
101	Practically Significant Method Comparison Protocols for Machine Learning in Small Molecule Drug Disc…	機械学習・AI	2025年9月	✅
102	eRMSF: A Python Package for Ensemble-Based RMSF Analysis of Biomolecular Systems	計算化学	2025年11月	✅
103	From Obstacle to Design Advantage: Activity Cliff Aware Modeling for Small-Molecule Drug Discovery	機械学習・AI	2025年12月（Drug Discovery Today）	✅
104	Computational Approaches Enhance the Design of Molecular Glue Degraders for Undruggable Proteins	計算化学	2025年12月（Drug Discovery Today Vol.31 No.1 Jan 2026）	✅
105	Deep Learning and Molecular Dynamics Reveal Promising EZH2 Inhibitors for Epigenetic Cancer Targetin…	計算化学	2025年11月	✅
106	graphpancake: A Python package for representing organic molecules as molecular graphs utilizing elec…	機械学習・AI	2025（ChemRxiv preprint, MIT license）	✅
107	A Foundation Model for Accurate Atomistic Simulations in Drug Design	機械学習・AI	2025年（ChemRxiv preprint）	✅
108	A Systematic Review of Drug-Related Interactions Utilizing Deep Learning and LLMs for Prediction and…	機械学習・AI	2025年12月	✅
109	A Foundation Model for Accurate Atomistic Simulations in Drug Design	機械学習・AI	2025（ChemRxiv preprint）	✅
110	ChemTSv3: Generalizing Molecular Design via Flexible Search Space Control	機械学習・AI	2025（ChemRxiv preprint）	✅
111	Hybrid ChemBERTa and DFT Machine Learning Framework for Predicting Enantioselectivity in Organosilan…	機械学習・AI	2025（ChemRxiv preprint）	✅
112	Modular Assembly of Allosteric MEK Inhibitor Structural Elements Unravels Potency and Feedback-Modul…	メディシナルケミストリー	December 2015	✅
113	Decoding of Inconsistent Biological Data: A Critical Step toward Enhanced AI Predictivity in Drug Di…	機械学習・AI	2025 (online ahead of print)	✅
114	Discovery of Potent and Efficacious Influenza PB2 Inhibitors	メディシナルケミストリー	December 2025 (online), January 2026 (issue)	✅
115	Active Learning FEP Using 3D-QSAR for Prioritizing Bioisosteres in Medicinal Chemistry	計算化学	April 2025	✅
116	Application of Free Energy Perturbation (FEP) Methodology for Predicting the Binding Affinity of Mac…	計算化学	May 2025	✅
117	MSFold: Multi-State Protein Structure Prediction via Parallel Tempering in Discrete Token Space	機械学習・AI	March 2026	✅
118	Protenix-v1: A Fully Open-Source Structure Prediction Model Surpassing AlphaFold3	機械学習・AI	February 2026	✅
119	Structural Consequences of Introducing Multiple Ionizable Residues in a Protein with a Highly Charge…	計算化学	March 2026	✅
120	G-screen: Scalable Receptor-Aware Virtual Screening through Flexible Ligand Alignment	計算化学	March 2026	✅
121	Integrating BioEmu Ensemble Sampling with Molecular Dynamics and Markov State Models for Protein Con…	計算化学	January 2026	✅
122	Beyond Bioisosteres: sp3-Rich Bicyclic Scaffolds for Improved ADME Properties in Lead Optimization	メディシナルケミストリー	2026	✅
123	Beyond SMILES: Evaluating Agentic AI Systems for Chemistry	機械学習・AI	February 2026	✅
124	DESRO: Scientific Reasoning from Outcomes via Large Language Models	機械学習・AI	2026	✅
125	SpaceGFN: Programmable Chemical Space Exploration via GFlowNet	機械学習・AI	2026	✅
126	Evaluating Boltz-2 for Protein-Ligand Binding Prediction: A Large-Scale Computational Study	計算化学	March 2026	✅
127	SciDesignBench: A Benchmark for Scientific Design Reasoning with Reinforcement Learning from Scienti…	機械学習・AI	March 2026	✅
128	Beyond Affinity: A Comprehensive Benchmark for Structure-Based Drug Design Methods	機械学習・AI	January 2026	✅
129	TerraBind: Coarse-Grained Molecular Representations for Efficient Protein-Ligand Binding Affinity Pr…	機械学習・AI	February 2026	✅
130	DrugR: Optimizing Molecular Drugs through LLM-Based Explicit Reasoning	機械学習・AI	2026年2月（プレプリント）	✅
131	Reinforcement Learning with LLM-Guided Action Spaces for Synthesizable Lead Optimization	機械学習・AI	2026年4月（プレプリント）	✅
132	Reference-Guided Policy Optimization for Molecular Optimization via LLM Reasoning	機械学習・AI	2026年（ICLR 2026 採択）	✅
133	MolEvolve: LLM-Guided Evolutionary Search for Interpretable Molecular Optimization	機械学習・AI	2026年3月（プレプリント）	✅
134	MolecularIQ: Characterizing Chemical Reasoning Capabilities Through Symbolic Verification on Molecul…	機械学習・AI	2026年1月（プレプリント）	✅
135	Ontology-to-Tools Compilation for Executable Semantic Constraint Enforcement in LLM Agents	機械学習・AI	2026年2月（Cambridge Centre for Computational Chemical Engineering プレプリント）	✅
136	Accurate Predictions of Novel Biomolecular Interactions with IsoDDE	機械学習・AI	2026年2月（Isomorphic Labs テクニカルレポート）	✅
137	Epsilon: An Autonomous Research Engine with Epistemic Integrity for Scientific Discovery	機械学習・AI	2026年2月（独立プレプリント）	✅
138	A Unified Language Model Bridging De Novo and Fragment-Based 3D Molecule Design	機械学習・AI	2026年2月（Research Square プレプリント）	✅
139	Breaking the Barriers of Molecular Dynamics With Deep-Learning: Opportunities, Pitfalls, and How to …	機械学習・AI	2026年（WIREs Computational Molecular Science）	✅
140	Fast Sampling of Protein Conformational Dynamics	計算化学	2026年（Science Advances）	✅
141	Physics Beats Diffusion: Agentic AI-Driven Virtual Screening Benchmark on a GPCR Target	計算化学	2026年3月（Research Square プレプリント）	✅
142	PROTAC Approaches against Drug-Resistant EGFR C797S/L858R/T790M Mutants: Biological Evaluation and S…	メディシナルケミストリー	2026年（RSC Medicinal Chemistry）	✅
143	DeepDegradome: A Structure-Aware Deep Learning Framework for PROTAC and Ligand Generation Against Pr…	機械学習・AI	2026年（PNAS）	✅
144	An LLM Chatbot to Facilitate Primary-to-Specialist Care Transitions: A Randomized Controlled Trial	機械学習・AI	2026年（Nature Medicine）	✅
145	Molecular Representation Matters: Comparative Evaluation of Fingerprints, RDKit Descriptors, and Has…	機械学習・AI	2026年（J. Phys. Chem. Lett.）	✅
146	In-Pocket 3D Graphs Enhance Ligand-Target Generative Small-Molecule Creation: A Dopamine D2 Receptor…	機械学習・AI	2026年（J. Phys. Chem. B）	✅
147	Large Library Docking for Polypharmacology: Simultaneous Discovery of Ligands for Multiple GPCR Targ…	計算化学	2026年（J. Med. Chem.）	✅
148	What Happens in Successful Optimizations? A Survey of 2018–2024 Literature	メディシナルケミストリー	2026年（J. Med. Chem.）	✅
149	Tokenization for Molecular Foundation Models: A Comprehensive Evaluation	機械学習・AI	2026年（J. Chem. Inf. Model.）	✅
150	ArtiDock: Accurate Machine Learning Approach to Protein-Ligand Docking for High-Throughput Virtual S…	計算化学	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling）	✅
151	A Relative Binding Free Energy Framework for Structurally Dissimilar Molecules (CBFE)	計算化学	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 1626-1636）	✅
152	QUICK and Robust ESP and RESP Charges for Computational Biochemistry	計算化学	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 3173-3187）	✅
153	CHARMM-GUI Hybrid ML/MM Builder for Hybrid Machine Learning and Molecular Mechanical Simulations	計算化学	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 2960-2966）	✅
154	CHARMM-GUI Ligand Docker for Molecular Docking with Various Docking Programs	計算化学	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling）	✅
155	GlueFinder: A Data-Driven Framework for the Rational Discovery of Molecular Glues	計算化学	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling）	✅
156	DIVINE: Deterministic Top-Down Clustering Framework for Molecular Dynamics Trajectories	計算化学	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling）	✅
157	Improving Fidelity and Diversity in Chemical Language Transformers for Inverse Molecular Design	機械学習・AI	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 3059-3073）	✅
158	UCBbind: More Accurate Binding Affinity Prediction via Protein Homology and Ligand-Based Transfer Le…	機械学習・AI	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 2006-2016）	✅
159	BOLD-GPCRs: A Transformer-Powered App for Predicting Ligand Bioactivity across Class A GPCRs	機械学習・AI	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 855-866）	✅
160	MolOrgGPT: De Novo Generation via Large Language Models and Reinforcement Learning	機械学習・AI	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling）	✅
161	Large Language Model Agent for Modular Task Execution in Drug Discovery	機械学習・AI	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling）	✅
162	UniDock-Pro: Unified GPU-Accelerated Platform for High-Throughput Virtual Screening	計算化学	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 2735-2752）	✅
163	A Computational Community Blind Challenge on Pan-Coronavirus Drug Discovery Data	計算化学	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 3129-3149）	✅
164	Symmetry-Sensitive Analysis of Molecular Graph Neural Network Models	機械学習・AI	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 2610-2615）	✅
165	CoDrug: A Text-Driven Molecular Virtual Screening and Multiproperty Optimization Framework	機械学習・AI	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling）	✅
166	Topology-Aware Generation and Activity-Based Filtering for Data-Scarce QAC Discovery	機械学習・AI	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling）	✅
167	Assessing Boltz-2 Performance for the Binding Classification of Docking Hits	機械学習・AI	2026年（Journal of Chemical Information and Modeling, 66, 1511-1521）	✅
168	DualBind: Dual-Module Protein-Ligand Binding Affinity Prediction with Adaptive GNN and Structure-Awa…	機械学習・AI	2026年（Expert Systems With Applications, Vol. 309）	✅
169	Discovery of Covalent Ligands with AlphaFold3	計算化学	2026年（JACS）	✅
170	Advances in Computational Methods for PROTAC Drug Discovery	機械学習・AI	March 2026 (Drug Discovery Today, Vol. 31, No. 2)	✅
171	Reward Function Design for Reinforcement Learning-Based Molecular Generation: Additive vs. Multiplic…	機械学習・AI	2025年（ChemRxiv プレプリント、Galvin/Elix）	✅
172	Independent Benchmarking of Boltzmann-Based Structure Prediction (Boltz-2) on ChEMBL-Derived Protein…	機械学習・AI	2026年（Chem-Bio Informatics Journal, Vol. 26）	✅
173	Hit Identification in Ultra Large Virtual Screening: An Integrative Review and Future Challenges	機械学習・AI	2026年1月（Drug Discovery Today）	✅
174	Machine Learning, Docking, or Physics for Structure Prediction of Ligand-induced Ternary Complexes	機械学習・AI	2026年1月（Current Opinion in Structural Biology 97:103217）	✅
175	NextTopDocker: The Largest-to-Date Docking Power Benchmark Reveals That Deep Learning Performs Gener…	計算化学	2026年2月（ChemRxiv プレプリント）	✅
176	Generative Virtual Screening: From Search to Generate and Back	機械学習・AI	2026年2月（ChemRxiv プレプリント）	✅
177	ChemSpace Copilot: Agentic AI for Interactive Visualization and Exploration of Chemical Space	機械学習・AI	2026年3月（ChemRxiv プレプリント）	✅
178	Transparent Acceleration of Large Library Docking with ChemSTEP	計算化学	2026年3月（ChemRxiv プレプリント）	✅
179	FragBERTa: Exploring Fragment-based Molecular Representation Learning with SAFE	機械学習・AI	2026年2月（ChemRxiv プレプリント）	✅
180	A Comparative Study of SMILES, SELFIES, and ECFP4 Representations for Molecular Similarity Search	機械学習・AI	2026年2月（ChemRxiv プレプリント）	✅
181	PyMolGen: Database-Driven Molecular Generation of Drug-Like Compounds	機械学習・AI	2026年3月（ChemRxiv プレプリント）	✅
182	A Reinforcement Learning-guided Genetic Algorithm Integrating Medicinal Chemistry-inspired Molecular…	機械学習・AI	2026年2月（ChemRxiv プレプリント）	✅
183	Docking of Millions: Accelerating a Million-Scale Virtual Screening Using Deep Learning	機械学習・AI	2026年3月（Briefings in Bioinformatics 27, bbag128）	✅
184	BBB-Permeable PROTACs: Where Do We Stand?	メディシナルケミストリー	2026年（ACS Medicinal Chemistry Letters）	✅
185	Machine Learning for De Novo Molecular Generation: A Comprehensive Review	機械学習・AI	2026年（ACS Chemical Neuroscience 17, 666-680）	✅
186	From Prompt to Drug: Toward Pharmaceutical Superintelligence	機械学習・AI	2026年（ACS Central Science）	✅
187	PROTACs in Targeted Protein Degradation: Advances in Development and AI-Enhanced Drug Discovery	機械学習・AI	2026年3月（European Journal of Medicinal Chemistry Reports）	✅
188	AI-aided Drug Development for Protein Degraders: Design, Lead Identification, and Optimization	機械学習・AI	2025年（Annual Reports in Medicinal Chemistry 65）	✅
189	The Statistical Software Revolution in Pharmaceutical Development: Challenges and Opportunities in O…	機械学習・AI	2026年1月（Drug Discovery Today）	✅
190	New Approach Methodologies for Drug Discovery	機械学習・AI	2026年4月（Cell 189）	✅
191	Steering Semi-Flexible Molecular Diffusion Model for Structure-Based Drug Design with Reinforcement …	機械学習・AI	2026年4月（Science Advances 12, eady9955）	✅
192	Construction of a Multi-label Odor Prediction Model Based on Molecular Structures and Olfactory Rece…	機械学習・AI	2026年（Analytical Sciences）	✅
193	KIMMDY: A Biomolecular Reaction Emulator	計算化学	2026年（Nature Communications 17:3500）	✅
194	Structural Optimization of Drug Molecules with Incrementally Trained Language Models	機械学習・AI	2026年（Nature Communications 17:3456）	✅
195	Harnessing AI to Build Virtual Cells	機械学習・AI	2026年4月（bioRxiv）	✅
196	UBio-MolFM: A Universal Molecular Foundation Model for Bio-Systems	機械学習・AI	2026年4月（preprint）	✅
197	MolMem: Memory-Augmented Agentic Reinforcement Learning for Sample-Efficient Molecular Optimization	機械学習・AI	2026年4月（preprint）	✅
198	MarS-FM: Generative Modeling of Molecular Dynamics via Markov State Models	機械学習・AI	2026年（preprint）	✅
199	Tabular Foundation Models for In-Context Prediction of Molecular Properties	機械学習・AI	2026年4月（preprint）	✅
200	How Creative Are Large Language Models in Generating Molecules?	機械学習・AI	2026年4月（preprint）	✅
201	Target Identification and Assessment in the Era of AI	機械学習・AI	2026年（Nat. Rev. Drug Discov. 2026）	✅
202	Chemical Space Navigation of Nitidine Leads to the Discovery of a Novel PD-L1 Degradation Agent by T…	メディシナルケミストリー	2026年（J. Med. Chem. 2026, 69, 8237-8254）	✅
203	Scaffold-Hopping Strategy on a Series of Proteasome Inhibitors Led to a Preclinical Candidate for th…	メディシナルケミストリー	2021年（J. Med. Chem. 2021, 64, 5905-5930）	✅
204	Automated Molecular Design in BRADSHAW, Applied to the Optimization of ERAP1 Inhibitors	メディシナルケミストリー	2026年（J. Med. Chem. 2026, 69, 8869-8896）	✅
205	Discovery of YYSW001: A Highly Selective, Orally Bioavailable JAK1 Inhibitor Achieving Efficacy unde…	メディシナルケミストリー	2026年（J. Med. Chem. 2026, 69, 7869-7903）	✅
206	How to Use Quantum Computers for Biomolecular Free Energies	計算化学	2026年（J. Chem. Theory Comput. 2026, in press）	✅
207	Multiscale Hypergraph Masked Autoencoder with Δ-Property Alignment for Novel Molecular Representatio…	機械学習・AI	2026年（J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 3858-3877）	✅
208	ProtCross: Bridging the PDB-AlphaFold Gap for Binding Site Prediction with Protein Point Clouds	機械学習・AI	2026年（J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 3688-3701）	✅
209	DeepMIF: A Multiview Interactive Fusion-Based Deep Learning Method for RNA-Small Molecule Binding Af…	機械学習・AI	2026年（J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 3575-3589）	✅
210	Chat-Driven Computational (Bio)chemistry: Using LLM Agents to Accelerate Bio- and Chemoinformatics	機械学習・AI	2026年（J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 3397-3401）	✅
211	StereoMolGraph: Stereochemistry-Aware Molecular and Reaction Graphs	計算化学	2026年（J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 3830-3839）	✅
212	LigandExplorer: An Automated Tool for Ligand Extraction from PDB Structures	計算化学	2026年（J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 3026-3035）	✅
213	Unveiling the Activation Mechanism of Glucagon-Like Peptide-1 Receptor by an Ago-Allosteric Modulato…	計算化学	2026年（J. Chem. Inf. Model.）	✅
214	Efficient Binding Affinity Estimation for Fragment-Based Compounds Using a Separated Topologies Appr…	計算化学	2026年（J. Chem. Inf. Model.）	✅
215	Automated Force Field Developer and Optimizer Platform: Torsion Reparameterization	計算化学	2026年（J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 3206-3219）	✅
216	AI-MedCraft: A Strategy-Driven AI Platform for Multi-Objective Molecular Design	機械学習・AI	2026年（J. Chem. Inf. Model. 2026, 66, 3424-3431）	✅
217	Doing More with Less: Accurate and Scalable Ligand Free Energy Calculations by Focusing on the Bindi…	計算化学	2026年（J. Chem. Inf. Model.）	✅
218	Improving Stereochemical Limitations in Protein-Ligand Complex Structure Prediction	計算化学	2025年（ACS Omega 2025, 10, 56075-56084）	✅
219	Evaluating the Progression of Large Language Model Capabilities for Small-Molecule Drug Design	機械学習・AI	2026年4月（preprint）	✅
220	Polyformer: a generative framework for thermodynamic modeling of polymeric molecules	機械学習・AI	2026年4月（preprint）	✅
221	The HTC-Claw: Automating Discovery through High-Throughput Computational Campaigns	機械学習・AI	2025年4月（preprint）	✅
222	UniSim: A Unified Simulator for Time-Coarsened Dynamics of Biomolecules	機械学習・AI	2025年（ICML 2025）	✅
223	LinkLlama: Enabling Large Language Model for Chemically Reasonable Linker Design	機械学習・AI	2026年4月（bioRxiv preprint）	✅
224	AlphaFast: High-throughput AlphaFold 3 via GPU-accelerated MSA construction	計算化学	2026年2月（bioRxiv preprint）	✅
225	How to write an impactful review article?	メディシナルケミストリー	2026年5月（Drug Discovery Today Vol.31 No.3）	✅
226	Large language models for molecular design: bridging the gap between chemical syntax and biological …	機械学習・AI	2026年3月（Drug Discovery Today Vol.31 No.2）	✅
227	Toward generalizable predictive models for DNA-encoded libraries	機械学習・AI	2026年3月（Drug Discovery Today Vol.31 No.2）	✅
228	Closing the loop: Experimentally validated methods in artificial intelligence–driven protein design	機械学習・AI	2026年（Current Opinion in Structural Biology Vol.98）	✅
229	A Scaffold-Hopping Strategy on a Series of Proteasome Inhibitors Which Led to a Preclinical Candidat…	メディシナルケミストリー	2021年頃（J. Med. Chem. 掲載、著者 Thomas/Gilbert ら）	✅
230	Quantification of Hydrogen Bond Donating Ability of Biologically Relevant Compounds	メディシナルケミストリー	April 2024	✅
231	The Role of Allylic Strain for Conformational Control in Medicinal Chemistry	メディシナルケミストリー	2023	✅
232	Discovery and Characterization of the Potent and Selective P2X4 Inhibitor BAY-1797	メディシナルケミストリー	December 2019	✅
233	Eyes on Topical Ocular Disposition: Design of a Lead JAK Inhibitor with Azetidin-3-Amino Bridging Sc…	メディシナルケミストリー	June 2023	✅
234	2025 In Review: Trends in Pharmaceutical Innovation	メディシナルケミストリー	March 2026	✅
235	Design, Quality and Validation of the EU-OPENSCREEN Fragment Library Poised to a High-Throughput Scr…	メディシナルケミストリー	April 2024	✅
236	Discovery of Novel and Potent Prolyl Hydroxylase Domain-Containing Protein (PHD) Inhibitors for the …	メディシナルケミストリー	January 2024	✅
237	Discovery of Tetrahydropyrazolopyrazine Derivatives as Potent and Selective MYT1 Inhibitors for the …	メディシナルケミストリー	January 2024	✅
238	Escaping from Flatland: Multiparameter Optimization Leads to the Discovery of Novel Tetrahydropyrido…	メディシナルケミストリー	May 2023	✅
239	Geminal Diheteroatomic Motifs: Some Applications of Acetals, Ketals, and Their Sulfur and Nitrogen H…	メディシナルケミストリー	2021	✅
240	Synthetic Opportunities and Challenges for Macrocyclic Kinase Inhibitors	メディシナルケミストリー	May 2021	✅
241	Validation of a New Methodology to Create Oral Drugs beyond the Rule of 5 for Intracellular Tough Ta…	メディシナルケミストリー	November 2023	✅
242	Structure-Based Design and Evaluation of Reversible KRAS G13D Inhibitors	メディシナルケミストリー	December 2023	✅
243	Rapid Traversal of Ultralarge Chemical Space using Machine Learning Guided Docking Screens	計算化学	2023年（プレプリント）/ J. Chem. Inf. Model. 2024	✅
244	FragGrow: A Web Server for Structure-Based Drug Design by Fragment Growing within Constraints	計算化学	2024年	✅
245	AlphaFold2-RAVE: From Sequence to Boltzmann Ranking	計算化学	2023年	✅
246	Conservation of Hot Spots and Ligand Binding Sites in Protein Models by AlphaFold2	計算化学	2024年	✅
247	Comparative Assessment of Free Energy Computational Methods for Revealing the Interactions Driving P…	計算化学	2026年4月（受付 2026年1月）	✅
248	MAIP: An Open-Source Tool to Enrich High-Throughput Screening Output and Identify Novel, Druglike Mo…	機械学習・AI	2023年	✅
249	Accelerated Chemical Reaction Optimization Using Multi-Task Learning	機械学習・AI	2023年	✅
250	Systematic Evaluation of Local and Global Machine Learning Models for the Prediction of ADME Propert…	機械学習・AI	2023年	✅
251	Molecular Deep Learning at the Edge of Chemical Space	機械学習・AI	2026年3月（オンライン先行公開）	✅
252	A Multi-Grained Symmetric Differential Equation Model for Learning Protein-Ligand Binding Dynamics	計算化学	2025年12月（Nature Communications in Press）	✅
253	NNP/MM: Fast Molecular Dynamics Simulations with Machine Learning Potentials and Molecular Mechanics	計算化学	2022年1月（arXiv: 2201.08110），2023年（J. Chem. Inf. Model. 掲載）	✅
254	Scalable Spatio-Temporal SE(3) Diffusion for Long-Horizon Protein Dynamics	計算化学	2026年2月	✅
255	Artificial Intelligence for Direct Prediction of Molecular Dynamics Across Chemical Space	計算化学	2025年5月（arXiv），2025年〜2026年（JCTC 掲載）	✅
256	Ultra-Large Virtual Screening Identifies PARP-1 and FSP1 Inhibitors via Adaptive Targeting	計算化学	2023年4月（bioRxiv）	✅
257	ATMOS: Autoregressive Trajectory Model for Open-ended Simulation	機械学習・AI	2026年3月（arXiv）	✅
258	Exploring the Capabilities of Machine-Learned Potentials for Biomolecular Simulations	計算化学	2022年1月（arXiv）	✅
259	Accelerating Protein Molecular Dynamics Simulation with DeepJump	計算化学	2025年9月16日（arXiv）	✅
260	Artificial Intelligence for Direct Prediction of Molecular Dynamics Across Chemical Space	計算化学	2026年（arXiv）	✅
261	BioMD: All-atom Generative Model for Biomolecular Dynamics Simulation	機械学習・AI	2025年9月2日（arXiv）	✅
262	Scalable Spatio-Temporal SE(3) Diffusion for Long-Horizon Protein Dynamics	機械学習・AI	2026年2月11日（arXiv）	✅
263	Guidelines for the analysis of free energy calculations	計算化学	2015年5月（J. Comput. Aided Mol. Des. 29(5): 397–411）	✅
264	BIOPTIC B1 Ultra-High-Throughput Virtual Screening System Discovers LRRK2 Ligands in Vast Chemical S…	機械学習・AI	2025年（J. Chem. Inf. Model., accepted 2025）	✅
265	A bottom-up approach to find lead compounds in expansive chemical spaces	計算化学	2025年（Communications Chemistry）	✅
266	Synthon-Based Strategies Exploiting Molecular Similarity and Protein-Ligand Interactions for Efficie…	計算化学	2025年（J. Chem. Inf. Model., accepted April 2025）	✅
267	ANI Neural Networks Meet Electrostatics: A ML/MM Implementation in Amber	計算化学	2024年	✅
268	Hit Identification Driven by Combining Artificial Intelligence and Computational Chemistry Methods: …	メディシナルケミストリー	2023年8月	✅
269	When Macrocyclic Peptides Meet the Crystal Structure of a Melanocortin Receptor	メディシナルケミストリー	2021年（受理 2020年12月）	✅
270	Autonomous Diffractometry Enabled by Visual Reinforcement Learning	計算化学	2026年4月	✅
271	Consensus docking aid to model the activity of an inhibitor of DNA methyltransferase 1 inspired by d…	計算化学	2023年12月	✅