📅 5月第2週論文レビュー — 🔬 計算化学2026-05-08〜2026-05-14

ParametrizANI は、小分子の二面角力場パラメータ（GAFF/OpenFF）を ANI ニューラルネットワークポテンシャル（NNP）で近似した参照エネルギーに基づいて最適化する無料ツールである。Palermo 研究室（UC Riverside、Arantes・Sinha・Palermo）が開発し、Google Colab 上で実行可能な Jupyter ノートブックとして GitHub 公開している。

strainedSMILES2xyz は、RDKit の ETKDGv3/v2 コンフォーマー生成が失敗しやすい歪み環系分子（trans-シクロアルケン・シクロアルキン・架橋小員環など）に対して、段階的なフォールバック戦略と ORCA GFN-FF による立体化学補正を組み合わせた自動 3D 構造生成ワークフローである。Python パッケージおよび Jupyter notebook として GitHub で公開されており、既存の自動化パイプラインへの統合が容易な設計になっている。bioorthogonal chemistry（TCO・DBCO・BCN・ADIBO 等）や anti-Bredt アルケンなど、実験化学者が扱うが計算ツールが苦手とする分子クラスを対象とする。

BoltzGenは、Boltz-2（AlphaFold3系の全原子構造予測モデル）を基盤に設計トークンを追加した全原子拡散モデルであり、タンパク・ペプチド・ナノボディ・環状ペプチド・ヘリコン・シクロタイドなど多様なモダリティのバインダーを任意の生体分子ターゲット（タンパク・核酸・小分子・翻訳後修飾含む）に対して設計できる。構造予測と配列設計を単一モデルで同時実行するアーキテクチャを採用し、アミノ酸種を離散ラベルではなく14原子の幾何的配置でエンコードすることで連続拡散空間での統一的な学習を実現した。

Struct2Queryは、既知の活性リガンドを必要とせずにタンパク質ポケットをリガンドベース仮想スクリーニング（LBVS）のクエリに変換するワークフローである。OpenEye SiteHopperを用いて78,806件の結晶構造ポケットデータベースを検索し、クエリポケットと構造的に類似したポケットのcocrystalリガンドを移植・精製してコンポジットROCSクエリを構築する。このクエリはGPU加速FastROCSによる億件規模ライブラリへのスクリーニングに直接利用可能で、既知活性化合物なしでも構造情報をLBVSに埋め込める点が核心的な貢献である。