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| # | タイトル | カテゴリ | 発表 | スライド |
|---|---|---|---|---|
| 1 | CarsiDock-Cov: A deep learning-guided approach for auto… | 計算化学 | 2025年7月（Acta Pharmaceutica Sinica B、プレプルーフ） | ✅ |
| 2 | ChemBounce: a computational framework for scaffold hopp… | 計算化学 | 2025年9月（Bioinformatics, Vol.41, btaf501） | ✅ |
| 3 | DrugPipe: Generative AI-Assisted Virtual Screening Pipe… | 機械学習・AI | 2025年5月（Biology Methods and Protocols, 10(1), bpaf038） | ✅ |
| 4 | How and Why Does Knowledge-Based Biased Docking Improve… | 計算化学 | 2026年（ChemMedChem, Vol.21, e202501058） | ✅ |
| 5 | PharmacoForge: Pharmacophore Generation with Diffusion … | 機械学習・AI | 2025年（ChemRxiv プレプリント） | ✅ |
| 6 | Improving ΔΔG Predictions with a Multitask Convolutiona… | 機械学習・AI | 2022年4月（JCIM Vol. 62, No. 8, pp. 1819–1829） | ✅ |
| 7 | Robust Protein-Ligand Interaction Modeling Integrating … | 機械学習・AI | 2024年11月（ChemRxiv preprint） | ✅ |
| 8 | SMARTDock: A Toolkit for the Automated Development of T… | 計算化学 | 2025年（ChemRxiv preprint）; 査読誌版: J. Chem. Inf. Model. 2026, Vol. 66, pp. 812–819 (DOI: 10.1021/acs.jcim.5c01490) | ✅ |
| 9 | Data-centric training enables meaningful interaction le… | 機械学習・AI | 2025年8月（ChemRxiv preprint） | ✅ |
| 10 | MolGen-Transformer: A molecule language model for the g… | 機械学習・AI | 2026年（Computational Materials Science, Vol. 269, 114549） | ✅ |
| 11 | gmx ffconv: A Fast, User-Friendly Semi-Automated All-At… | 計算化学 | 2025 | ✅ |
| 12 | SAFR: Enabling Fragment-Based Drug Discovery with a Syn… | 計算化学 | 2026年4月 | ✅ |
| 13 | FE-ToolKit: A Versatile Software Suite for Analysis of … | 計算化学 | 2025年5月 | ✅ |
| 14 | Benchmarking Molecular Feature Attribution Methods with… | 機械学習・AI | 2022年1月 | ✅ |
| 15 | Comprehensive Assessment and Benchmark of Deep Generati… | 機械学習・AI | 2026年4月（受理） | ✅ |
| 16 | De Novo Molecular Design via Shape-Constrained Diffusio… | 機械学習・AI | 2026年4月 | ✅ |
| 17 | plotXVG: Batch Generation of Publication-Quality Graphs… | 計算化学 | 2026年3月 | ✅ |
| 18 | RinPy, a Python Package for Residue Interaction Network… | 計算化学 | 2026年（受理: 2026年3月26日） | ✅ |
| 19 | DUW-MGCA: A Dynamic Uncertainty-Weighted Multi-Granular… | 機械学習・AI | 2026年4月 | ✅ |
| 20 | CReM-pharm: de novo 3D pharmacophore-based design with … | 計算化学 | 2026年（J Cheminformatics, Article in Press） | ✅ |
| 21 | Discovery of Potent, Selective, and Orally Bioavailable… | メディシナルケミストリー | 2023年4月（J. Med. Chem. 2023, 66, 5439–5452） | ✅ |
| 22 | Discovery of Potent, Selective, CNS-Penetrant Macrocycl… | メディシナルケミストリー | 2026年3月（J. Med. Chem. 2026, 69, 8548–8560） | ✅ |
| 23 | MolMod: a molecular modification platform for molecular… | 機械学習・AI | 2025年8月（Molecular Diversity） | ✅ |
| 24 | ParametrizANI: Fast, Accurate, and Free Parametrization… | 計算化学 | 2025年（ChemRxiv プレプリント、未査読） | ✅ |
| 25 | D3Rings: A Fast and Accurate Method for Ring System Ide… | 機械学習・AI | 2024-02 | ✅ |
| 26 | strainedSMILES2xyz: A Workflow for Reliable 3D Structur… | 計算化学 | 2025（ChemRxiv プレプリント） | ✅ |
| 27 | GPepT: A Foundation Language Model for Peptidomimetics … | 機械学習・AI | 2025（ChemRxiv プレプリント） | ✅ |
| 28 | Drug-TTA: Test-Time Adaptation for Drug Virtual Screeni… | 機械学習・AI | 2025 | ✅ |
| 29 | Activity Cliff-Informed Contrastive Learning for Molecu… | 機械学習・AI | 2023/2024（ChemRxiv プレプリント v2） | ✅ |
| 30 | Assay2Mol: Large Language Model-based Drug Design Using… | 機械学習・AI | 2025年7月 | ✅ |
| 31 | Dockformer: A Transformer-based Molecular Docking Parad… | 機械学習・AI | 2024年11月 | ✅ |
| 32 | BoltzGen: Toward Universal Binder Design… | 計算化学 | 2025年11月 | ✅ |
| 33 | Protein Language Models Encode Evolutionary Grammar but… | 機械学習・AI | 2026年4月 | ✅ |
| 34 | Struct2Query: Structure-Guided Virtual Screening via Co… | 計算化学 | 2026年4月 | ✅ |
| 35 | AutoLead: An LLM-Guided Bayesian Optimization Framework… | 機械学習・AI | 2026年（受理2026年4月20日） | ✅ |