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📅 5月第3週論文レビュー — 💊 メディシナルケミストリー2026-05-15〜2026-05-20

対象期間: 2026-05-15 〜 2026-05-20このページ: 1〜3件目
1. OpenBind's first release: A structure-affinity dataset for structure-based AI▶ スライドあり
DOI: 10.5281/zenodo.20026661 (Zenodo) · 📅 2026-05-05 (OpenBind blog / openbind.uk) · メディシナルケミストリー
判断:
OpenBind は構造ベース機械学習モデルの性能をボトルネックにしているのは"アーキテクチャの新規性"ではなく"高品質な実験データの不足"であるという立場を明確に取り、protein-ligand 系の dense・high-quality・public な dataset を継続的に公開していくことを目指すコンソーシアムである。今回の最初のリリースでは、新興感染症で公衆衛生上重要な Enterovirus A71 (EV-A71) の 2A protease を選び、925 件の crystallographic binding events、699 化合物のリガンド構造、601 化合物の affinity 測定値を一斉に公開した。
📣 OpenBind が EV-A71 2A protease の高密度 dataset を公開: 925 結晶構造 + 699 化合物 + 601 affinity。構造ベース AI 向けの benchmark に直結し、cofolding/docking/affinity の弱点
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2. Design, Synthesis, and Pharmacological Evaluation of Second-Generation Soluble Adenylyl Cyclase (sAC, ADCY10) Inhibitors with Slow Dissociation Rates▶ スライドあり
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.2c01133 · 📅 2022年11月(J. Med. Chem. 2022, 65, 15208–15226) · メディシナルケミストリー
判断:
sAC(soluble adenylyl cyclase、ADCY10)は細胞内cAMPシグナルを産生する酵素で、精子の運動性や先体反応に必須の役割を果たす。その遺伝子破壊マウスおよび変異ヒト2例では雄特異的不妊が観察されており、sAC阻害が非ホルモン性男性避妊薬の標的として注目されている。本論文は先代化合物TDI-10229を出発点に、構造ベース設計・FEP+・SPR速度論計測を組み合わせ、100倍以上のresidence time延長(25秒→3181秒)を達成したTDI-11861(compound 33)の発見を報告する。
📣 sAC阻害剤TDI-11861: residence time 25秒→3181秒(100倍延長)。Asp99新規H-bond+ortho-モルフォリン設計で KD=1.4nM達成。非ホルモン性男性避妊への道。JMedChem2022
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3. Design and Implementation of a High-Throughput Experimentation Platform to Accelerate Drug Discovery▶ スライドあり
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.5c00814 · 📅 2025年10月(J. Med. Chem. 2025, 68, 21999–22008) · メディシナルケミストリー
判断:
AbbVieのDiscovery Chemistry部門(Advanced Chemistry Technologies: ACT group)が2017年以降8年間で構築・運用したHTE(High-Throughput Experimentation)プラットフォームの全体像を報告するPerspective論文。プロセスケミストリー向けが主流だったHTEをメディシナルケミストリーの探索段階に適用するため、ChemBeads(固体試薬をサブミリグラムスケールで分注可能なコーティングビーズ技術)を独自開発し、多様性重視のプレート設計・標準化ワークフロー・一元的ソフトウェア管理を確立した。
📣 AbbVie HTE 5年・800+スクリーン実績論文。ChemBeadsで固体試薬1μmol分注を実現。C−N結合67%/Suzuki78%/C−O結合55%成功率。BrettPhos Pd G3+LiHMDSがC−N最優秀。将来はBO+MLで自動最適化へ。#Medicinal
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