OMSF: The Growing Role of Open Source Software in Molecular Modeling

The Growing Role of Open Source Software in Molecular Modeling

OMSF が運営する OpenFF / OpenFE / OpenFold / OpenADMET 連携モデル（Čondić-Jurkić, Mobley ほか・ChemRxiv 2026, perspective）

🎯 重複開発・ベンダーロックイン・再現性危機を OSS コンソーシアムで解消し、長期サステナビリティを確保する

① 背景と課題

物理ベース・ML ベースの分子モデリングが急速に進化する一方で、伝統的な閉鎖型ソフトウェア開発は重複工学・高コスト・再現性欠如を生み続けている。

各製薬企業が同じアルゴリズムの内部 FE / ADMET パイプラインを重複開発

AlphaFold2 の制限的ライセンスが独立検証と再ファインチューニングを阻害（→ OpenFold 設立）

公開データセットの枯渇 → OpenBind / OpenADMET の必要性

→ permissive ライセンス OSS と nonprofit institutional home の組み合わせが新標準

② 手法: OMSF Five Pillars

OMSF が運営の柱とする 5 原則。各コンソーシアムが共通して従う。

① Open Technology
② Open Access
③ Open Collaboration
④ Open Organization
⑤ Open Sustainability

専従 RSE と nonprofit fiscal sponsor で長期メンテナンスを担保。

② 手法: 4 大コンソーシアムの相互運用

OpenFF / OpenFE / OpenFold / OpenADMET が共通インフラ上で連携し、創薬計算の上流〜下流を網羅する。

4 + α

大規模 OSS コンソーシアムを OMSF が束ねる

QC データ・FF・FE プロトコル・構造予測・ADMET データを permissive で共有。

③ 本研究で示したこと

④ Case Study (a) Reducing Duplication

OpenFE：複数製薬企業の FE パイプラインを統合

④ Case Study (b) Reducing Costs

商用ライセンス・訓練コストの削減

Free at Use

Apache 2.0 / MIT 系 permissive ライセンス

小規模企業・学術機関の参加コストが大幅低減。

④ Case Study (c) Sustainability

産学連携でメンテナンス負担を分散

④ Case Study (d) Broader Participation

独立研究者の参画事例

Newcastle 大の Daniel Cole が OpenFF 公開インフラを活用し、独立資金で大規模 FF 研究を達成。コミュニティに infrastructure を還元。

小規模ラボでも大規模研究を実施できる構造を提供。

⑤ テイクホームメッセージ

🏛️ Institutional Home が必要
OMSF のような nonprofit がコード・データ・人材を統合し、長期サステナビリティを担保。

🔓 Permissive license が前提
Apache 2.0 / MIT 系で再利用・派生開発の摩擦を排除。GPL より重視されている。

🤝 産学連携の継続が鍵
産業＝安定資金、学術＝方法論革新、専従 RSE＝継続メンテの三位一体。

🧬 領域特化 OSS の波
OpenFF / OpenFE / OpenFold / OpenADMET など、創薬計算の上流〜下流を網羅する OSS 群が拡大。

ケムインフォマティクスへの応用

適用先	ユースケース
lib/fep	OpenFF 力場 / OpenFE プロトコルへのアダプタ実装
lib/fep	FreeSolv 等 OSS ベンチマークでキャリブレーション
lib/molgen	OpenADMET 公開データを ADMET スコアラーに統合

ベンダーロックインを回避し、コミュニティと共に長期サステナビリティを確保

本研究のインパクト