PPI は癌・神経変性・感染症での有望標的だが、広くフラットな接触面・ドラッガブル部位の不明確さ・実験構造データの不足が難しさの原因。AF2 登場で PPI 構造予測は大幅改善されたが、PPI 特化のドッキングベンチマークは存在しなかった。
→ MDM2/p53・KRAS/SOS1・BRD4/H4 等を含む 16 系（タンパク質-タンパク質 8 件 + タンパク質-ペプチド 8 件）
| ツール | タイプ |
|---|---|
| TankBind_local | DL・局所 |
| Glide | 従来・局所 |
| AutoDock Vina | 従来・局所 |
| Gnina | ML・局所 |
| Glide-IFD | 従来・Induced Fit |
| TankBind_blind | DL・ブラインド |
| EquiBind | DL・ブラインド |
| DiffDock | DL・ブラインド |
AF2 モデルは native PDB 構造の代替として有効。実験構造が入手不能な PPI ターゲットでも AF2 を利用可能。
TankBind_local と Glide が全構造ソースを通して最良の EF1% と AUROC を達成。
DiffDock 等のブラインド DL は moderately druggable ポケットで相対的に有利
アンサンブル精製は局所的に大幅改善するが変動が大きい。
| ドラッガビリティ | 推薦ツール |
|---|---|
| SiteScore > 0.8, Dscore > 0.75 | Glide, TankBind_local |
| Dscore 0.5–0.75 | Glide-IFD, DiffDock |
| Dscore < 0.5 | TankBind_blind, DiffDock |
| 不明/クリプティック | MD-IFD |
| 適用先 | ユースケース |
|---|---|
| lib/docking | PPI インターフェース中心グリッド自動定義機能追加 |
| lib/docking | ドラッガビリティ別ツール自動選択ロジック実装 |
| lib/md | MD アンサンブルドッキングの k-medoids 代表構造選択 |
AlphaFlow (MIT) との統合で実験構造なし PPI 系への VS パイプライン構築が可能