SARS-CoV-2主要プロテアーゼ（Mpro/3CLpro）はウイルスポリタンパク質の切断に必須。ヒト酵素との低相同性から高い選択性が期待でき、FDA承認ニルマトレルビルの標的。
スコア = w₁·PheSA（3D形状類似）＋ w₂·SMC（特権フラグメント数）＋ w₃·QED（薬物様性）— w₄·Jaccard距離（多様性）。PheSAは参照分子ニルマトレルビルに対する形状+薬理団Tanimoto。SMCはラクタム・ペプチド模倣構造のサブ構造マッチ数。
lib/molgen — PheSA形状スコア（RDKit rdShapeHelpers）+ SMC（HasSubstructMatch）をMolgenYamlスコアラーに追加。REINVENT-style RL学習ループをJobManagerに統合。
lib/docking — GCNNアンサンブルフィルターをUniDockRunnerの前段に配置し入力候補を1%以下に削減。AiZynthFinderを合成可能性フィルターとして接続。