AlphaFold / Str2Str 等の基盤生成モデルはタンパク質単体の構造を学習するが、有機リンカー付き環状ペプチドや材料表面への吸着といった外部環境との相互作用（PEI）を含む系には未対応。
① P3-F 環状ペプチド（有機リンカー付き）
Keap1-Nrf2 PPI 阻害 → Uext = リンカー拘束ポテンシャル
→ 安定コンフォメーションを UMAP 全体をカバーして生成
→ Keap1 結合型 PDB 構造（準安定）も再現
② Aβ16-22 + Au(111) 表面（金吸着）
Uext = Lennard-Jones 型ペプチド-金相互作用
→ 表面吸着変性構造をメタダイナミクスと高一致で再現
| 手法 | PEI 対応 | 再訓練 | 速度 |
|---|---|---|---|
| 全原子 MD | ○（明示） | 不要 | 遅い（μs〜ms） |
| Boltz-steering | △（内部拘束のみ） | 不要 | 速い |
| ファインチューニング | ○ | 必要 | 速い（推論時） |
| DiffPIE | ○（任意） | 不要 | MD より数桁高速 |